Challenge JEDI sur Myria

Myria a été utilisée par le CERMN pour des travaux de recherche de molécule active sur Covid19 de début mai à début juin (1 M.h.cœur, jusqu’à 3360 cœurs) dans le cadre d’un challenge bio-informatique (https://www.covid19.jedi.group).

« L’objectif de ce challenge est d’aider à trouver un traitement contre l’infection, en particulier à examiner si des molécules déjà connues pourraient avoir un effet sur le virus. On procède pour cela à un criblage à grande échelle (un milliard de molécules) pour identifier les molécules ayant un effet de blocage potentiel sur le SARS-Cov-2.

La mise en place de la chaîne de traitement sur Myria a été effectuée avec l’appui de l’équipe du Criann. En parallèle des 40 millions de molécules traitées quotidiennement sur plus de 3000 cœurs de Myria, plus de 100 millions étaient traitées chaque jour sur 10000 cœurs de la machine nationale du Cines. Myria a aussi servi à la mise au point et à l’optimisation des calculs ainsi qu’au stockage et au traitement des résultats, avec des transferts quotidiens du Cines vers Myria.

Il est attendu comme résultat final une sélection de 10 000 composés possibles par cible. Le criblage primaire est achevé avec la présélection d’un million de composés, sur lesquels un criblage secondaire est actuellement en cours. Chaque simulation est plus précise et a une durée d’exécution 10 fois plus longue que dans la première étape (de 7s à 70s). »

Pr. Ronan Bureau – CERMN – Université de Caen Normandie